Борисом   Годуновым. Чуть позже монастырь   выдерживал осаду   польских захватчиков,   около его стен русское ополчение в 1612 году готовилось к окончательному освобождению Москвы от польско-литовских захватчиков. Монастырь в начале XVII века начал пользоваться царской благосклонностью и начал приобретать современный облик после прихода к власти Романовых в 1613 году, поскольку в нём издавна находилась их родовая усыпальница. В 1620-х годах патриарх   Филарет построил каменную колокольню с храмом во имя преподобного   Саввы   Освященного.         В   1640   году   по указу царя Михаила Федоровича деревянную крепостную стену начали   менять     на каменную.     Протяженность   новой   каменной   стены составляла   около   650 м, а высота   достигала 7,5 м при толщине   до 2 м. В монастыре было трое ворот и 5 башен по углам. Вместо старого собора в   1645 году был заложен нынешний собор. Закончен он был уже при царе Алексее Михайловиче и освящен патриархом Иоасафом в присутствии царя в сентябре 1647 года.     В 1646—1649 годах архимандритом Новоспасского монастыря был будущий патриарх Никон. Вплоть до XVIII столетия монастырь был местом захоронения членов царствующей семьи Романовых. Благодаря     царским подаркам и   льготам монастырь к концу   XVII столетия был  одним из   самых   богатых. Царь Пётр I     распорядился в   1689   году   украсить   монастырский   собор росписью, а в 1717  году издал     приказ об   отливке   нового колокола для собора   весом в 1100 пудов.     При императрице   Екатрине II монастырь в 1764 году лишился всех своих поместий и соответственно больших доходов;   вскоре число  насельников монастыря заметно сократилось. В марте 1812 года   настоятелем   монастыря и одновременно   председателем комитета духовной цензуры был назначен   Амвросий   Орнатский. Во время нашествия Наполеона в 1812 году   монастырь сильно пострадал, в т.ч. от пожара. В начале 1813 года Синод возложил на о.   Амвросия ответственную   работу по «возобновлению   московских монастырей, повреждённых   французами».     К 1820 году здания,   пострадавшие   во время   войны   1812 года,   были   отремонтированы. Вдоль западной части   крепостной стены построили новый   двухэтажный    корпус, где разместились кельи, кухня и прочее. Из остатков разбившегося при пожаре главного колокола Петра I отлили новый.   В   1830   —   1840-х   годах   были обновлены   храмы монастыря.   После падения монархии монастырь был закрыт в   1918   году, и в том же году на его территории был устроен концентрационный лагерь. Обитель стала первым расстрельным монастырем в Москве. Памятники монастыря, имевшие музейное значение, были приписаны к музею Симонова монастыря.   В   1920-х   годах архитектор Сергей Родионов провёл  реставрацию построек   монастыря. В 1925 году территорию монастыря занимал Второй женский исправительный дом. Монастырское кладбище, занимавшее до 2/3 территории обители и где были похоронены видные деятели российского государства и церкви, снесено в 1927—1930 годах. С 1935 года территорией монастыря ведало хозяйственное управление НКВД. Все монастырские постройки были переоборудованы для хозяйственных нужд или под жильё. В соборном храме был размещен архив   НКВД   Московской области, в Никольском храме   —   склад конфискованной мебели и картофелехранилище. В 1960 году началось выселение жильцов из монастыря. В 1968 году было принято решение организовать на   базе монастыря «музей истории и современной   практики реставрационного   дела в   СССР». Восстановительные работы затянулись на многие годы.   В соборе планировалось открыть Музей истории реставрации. Реставрационный центр (ЦНРПМ) на территории монастыря существовал с 1985 до конца 1990 года, когда решено было вернуть обитель Московской патриархии.